2006年的亚冠联赛中，上海申花取得了他们迄今为止的最佳战绩，成功闯入了八强阶段然而，他们在接下来的14决赛中遭遇了强劲对手全北现代在两回合的比赛中，申花展现了顽强的斗志，但最终以总比分34憾负于对手，遗憾止步那一年，申花在国内赛场同样表现出色，但在国际赛场上，他们面对的是更为激烈。
下半场，申花队的马丁斯面对门柱，错失了扳平比分的机会最终，上海申花在主场以0比2告负，未能晋级亚冠正赛，这也终结了中超球队在资格赛中连续七次取胜的记录比赛的结果对于申花来说无疑是一个不小的打击尽管申花队在上半场表现出了顽强的防守，但在进攻端显得力不从心双方的较量在虹口体育场。
上海申花以5轮积4分排名小组垫底，落后小组第二的水原三星3分，由于跟水原三星两回合交手处于下风，所以提前一轮被淘汰出局感觉上场就主动放弃的，再拖下去，球员再伤下去，联赛真的难踢了，悉尼fc刚拿到澳超冠军，明年继续亚冠接下来没什么事情了，肯定往死里日水原水原最后再跟鹿岛死磕，不管平输。
2006年，大连实德与上海申花再次出击亚冠实德在小组赛最后一轮前积12分，形势有利，但在客场对全北现代的关键战中以13失利，未能晋级八强上海申花则通过抽签直接进入八强，首回合以10战胜全北现代，但在次回合24不敌对手，遭遇淘汰2007年，山东鲁能在主场与阿德莱德的比赛中，若赢球即可出线。
1 申花在今天的亚冠比赛中遭遇失利2 比赛的最终比分是申花0比2对手3 我国足球队在比赛中未能发挥出预期水平，令人感到遗憾。
亚冠F组最终积分榜，蔚山高居榜首，东京FC第2，申花第3无缘出线 北京时间12月3日晚，2020年亚冠联赛小组赛F组第6轮最后一轮的两场比赛全部结束代表中超出战的上赛季中国足协杯冠军上海申花1比4惨败给韩国K联赛劲旅蔚山现代，遭遇对手双杀面对亚冠出线生死战，韩国籍主帅崔康熙并没有派出最强。
与珀斯光荣的交锋，上海申花遗憾地以一场平局收场只拿到1分的申花，形势变得十分危急，最后一轮即便是击败蔚山现代，也不能确保出线，主动权完全掌握在FC东京手上这场比赛结束之后，不少球迷担心珀斯光荣会放水，这将导致申花的局势更糟糕至少从现在看来，这种担忧显得有点多余珀斯光荣主帅理查德·。
1 上海绿地申花在亚冠联赛H组第5轮的比赛中，于北京时间4月3日晚主场对阵鹿岛鹿角2 申花在半场结束时以20的领先优势，但下半场遭遇了不利局面，被对手在短时间内连追两球，最终以22的比分结束比赛，从而提前一轮被淘汰3 申花赛前面临出线形势严峻和伤病困扰，部分媒体预测申花可能会选择。
但是在踢完6轮亚冠小组赛之后，亚足联官方发布了重要罚单，处罚对象是曹赟定，他被认定在上海申花与珀斯光荣的比赛中出现暴力行为，随即对曹赟定处罚1000美元要说上海申花此次亚冠有什么遗憾，那就是曹赟定，还是秦升的那次犯规，两人的举动均引发了不小争议，对俱乐部形象显然是不好的众所周知，沙拉维。
毫无疑问，这样的成绩算是不错了，尤其是客场战日本和韩国的球队，均拿到1分唯一的遗憾是，上海申花面对悉尼FC却未能全取3分，要知道是在主场作战所以，上海申花在小组赛积分榜上仅列第三如果上海申花能够主场拿下悉尼FC，那么现在的出线形势非常乐观，将排在小组积分榜第二位目前H组积分榜形势。
申花队在本赛季的亚冠联赛中未能获得小组赛资格，根据亚足联的最新政策，他们将不会参加亚联杯的比赛这是因为今年的政策规定，如果某个协会拥有直接进入亚冠小组赛的名额如中国的广州恒大淘宝和江苏苏宁易购，那么在亚冠资格赛中失败的球队将不再参加亚联杯。
199900亚洲优胜者杯，上海申花与清水鼓动的对决中，第一轮双方互交白卷，但在第二轮比赛中，上海申花以20战胜了对手2003年亚冠联赛，上海申花在资格赛中先后以31和51的比分战胜了佩特罗基米亚和佩特罗基米亚印度尼西亚在资格赛第三轮中，上海申花以30战胜了笌笼联队新加坡，但。
2006年亚冠东亚赛区交战记录 322 实德 10 全北现代 412 大阪钢巴 30 实德 426 实德 20 大阪钢巴 517 全北现代 31 实德 913 申花 10 全北现代 920 全北 42 申花 历届亚冠战绩 2003年大连实德 四强，上海申花 小组出局 2004年大连实德。
3 2006年亚冠东亚交战记录实德10全北现代，大阪钢巴30实德，实德20大阪钢巴，全北现代31实德，申花10全北现代，全北42申花4 历届战绩2003年，大连实德四强，上海申花小组出局2004年，大连实德八强，上海申花小组出局2005年，深圳健力宝四强，山东鲁能八强2006年，上海申花八强。
要说本赛季亚冠联赛当中，哪支中超球队是最不被看好的我想绝大部分的中超球迷会把票投给上海申花队，本身他们就是四支亚冠球队当中实力最弱的，而在外援上面，两名厄瓜多尔的球员是并没有能够给球队提供任何的战力，在联赛结束之后，他们又损失了包括杨旭在内的多名主力，无论是从球队的经验上来说。
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